La Criminología Clínica estudia al delincuente a través de un enfoque multidisciplinario y utiliza la premisa de que el hombre es una unidad bio-psico-social. Su método clínico-criminológico, es un proceso ordenado de acciones valorativas de forma personal, con el objetivo de emitir recomendaciones de tratamiento a partir de un diagnóstico y un pronóstico mediante un documento llamado “informe criminológico”; en este documento se expone la situación personal, social y coyuntural del delincuente, y otros puntos relevantes como las circunstancias del delito, para colaborar con la ciencia penitenciaria en el cumplimiento de la sanción ordenada (Rodríguez M., 2008), y a su vez, ocuparlo para su futura resocialización.

Las fases que integran el proceso mediante el cual se realiza o lleva a cabo el Método Clínico Criminológico contemplan:

Fase de diagnóstico
Es la fase del método clínico-criminológico que tiene como objetivo, hacer observación y descripción sobre un individuo que ha cometido una conducta desviada socialmente tipificada como delito.
Se trata de un juicio valorativo que sirve de base para precisar una clasificación y segmentación en entornos de privación de libertad, así como, para la ejecución de penas y emitir recomendaciones de medidas cautelares, tratamiento intrapenitenciario, concesión o negación de beneficios preliberacionales y seguimiento de sujetos puestos en libertad.
Se lleva a cabo mediante la recogida orgánica y sistemática de los datos, a través de medios y técnicas de observación-descripción, o exámenes y estudios, adecuados y especializados (técnicas de observación, entrevistas, exámenes médico-criminológicos…).
El diagnóstico clínico criminológico está estructurado por cuatro elementos básicos:
1) Problema real, potencial o de riesgo y situacional
2) Factores relacionados
3) Manifestación y evidencias clínicas
4) Fundamentación científica

Fase de pronóstico
La Criminología trata de buscar remedios y soluciones a los problemas de la delincuencia; en esta etapa, trata de prever cuál puede llegar a ser el comportamiento futuro, razonablemente probable del sujeto: "¿Va a reincidir o no? ¿Qué medidas pueden ser las más eficaces para conseguir la no reincidencia?"
El criminólogo en esta fase llega a un pronóstico social y a la elección de un programa de tratamiento, a partir de la interpretación del delincuente estudiado en la etapa de diagnóstico criminológico.

Fase de tratamiento.
En sentido estricto, se refiere a la actividad coordinada y sistematizada, respetando los derechos fundamentales, que tratan de neutralizar los factores constitutivos de la personalidad criminal o criminógena del estado peligroso, por medio del rigor de la ciencia. Se enfoca en la intervención del diagnosticado con el fin de ayudarle a salir de su situación post criminal.
Se habla del tratamiento en sentido amplio, refiriéndose al conjunto de medidas tomadas con respecto al delincuente en virtud de su acción antisocial o delincuencial. Esta parte del método no trata de imponer “valores”, ni ideologías o credos, se trata de proponer valores de simple convivencia.

Otros tipos de diagnóstico utilizados son:

Diagnóstico fenomenológico: Revela la capacidad criminal o personalidad criminógena, detectando indicios de carácter etiológico-disfuncional, a través de la ponderación de criterios legales.
Diagnóstico ontológico-etiológico: Diagnóstico sobre la capacidad criminal con relación al mayor o menor grado de persistencia en el tiempo y grado de influencia de determinados factores.
Diagnóstico de adaptabilidad social: Investiga mediante las ciencias de la conducta, aspectos dinámicos de la persona, como status social, aptitudes, actitudes intelectuales, profesionales, sensitivas, emotivas, afectivas, rasgos o trazos de la persona (actividad o pasividad), trazos dinámicos conectados con necesidades instintivas, nutritivas, sexuales, etc. Preanuncian la orientación, del "registro" delictivo y "modus operandi" en el sujeto.
Diagnóstico clínico del estado peligroso en su integridad: Se relaciona con la presencia conjunta y diversa combinación de su capacidad criminal y adaptabilidad social; de aquí nacen los grados de peligrosidad criminal.